面向 Nature 系列期刊稿件的 agent skill 仓库
从初稿搭建 · 结构修订 · 图文对齐 · 引用核验 · 投稿前预检 到 返修回复的全链路
journal-first · claim-driven · 证据边界优先
Note
这是一个强约束的仓库，不是"通用论文写作技巧集合"。默认立场是 journal-first、claim-driven、证据边界优先；未明确 venue 时按 Nature 系列期刊导向处理。
- 🎯 一图一主张：
figure-planner先定每张图的论点，nature-figure出图，figure-style查正确性 - 🧱 结构先于润色：先用 reverse outline 稳住证据链，再做句子级
scientific-prose-style - 🔬 证据边界优先：Abstract / Introduction 不允许比下游证据更强
- 📊 统计与图注可审计：
stats-reporting-audit守住独立实验单元 n、多重比较、图注统计 - 📎 引用卫生：
citation-verifier本地扫描 + 严重度分级，先查后投 - 🔧 图形审计可执行：
qa-contract.md的散文规则有了对应命令，字号、碰撞、面板对齐、源数据可追溯都能真跑一遍，而且工具会明确说「我查不了」而不是默认通过 - 🚪 多入口：
paper-workflow是兜底，不是唯一入口；任何一层都能直接叫 - 📦 可直接复制：每个 skill 自包含，脚本随目录分发，Codex 与 Claude Code 可并存
一条命令，不用克隆。脚本会自动识别你用的是 Codex 还是 Claude Code，装好推荐的 18 个 skill，并干净地覆盖旧版本。
curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Boom5426/Nature-Paper-Skills/main/install.sh | bash装完后彻底重启 agent 让它加载新装的 skills（退出并重新打开 Claude Code 或 Codex，不是 /clear），再把这句话发过去：
用 paper-workflow 帮我判断这篇稿子下一步该用哪个 skill。
以后凡是泛泛的请求（帮我优化论文、润色一下、投稿前检查）都直接说就行，
paper-workflow 会先分类再报出要跑的整条链，不会只挑一个 skill 就开工。
帮我优化这篇论文。
到这里就装完了，下面全是可选项。
安装选项
# 不用自动识别，自己指定 agent（claude | codex | both）
curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Boom5426/Nature-Paper-Skills/main/install.sh | bash -s -- --agent codex
# 额外装上图形技能（需要绘图后端，见下方 TIP）
curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Boom5426/Nature-Paper-Skills/main/install.sh | bash -s -- --figure
# 只对当前项目生效，不写入 home 目录（Claude Code）
curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Boom5426/Nature-Paper-Skills/main/install.sh | bash -s -- --agent claude --local
# 装全部 27 个 skill；或先预览，不写任何文件
curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Boom5426/Nature-Paper-Skills/main/install.sh | bash -s -- --set all
curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Boom5426/Nature-Paper-Skills/main/install.sh | bash -s -- --dry-run完整参数见 --help。重复执行即原地升级。
想先看脚本内容，或者习惯从克隆装
把网上的脚本直接 pipe 给 bash 值得警惕，这很合理。可以先读 install.sh，或者克隆下来本地跑：
git clone https://github.com/Boom5426/Nature-Paper-Skills.git
cd Nature-Paper-Skills
./install.sh --agent claude --figure这样运行时脚本直接用你本地的克隆作为来源，不会联网下载任何东西。如果想改成拉取某个已发布版本，加 --ref <branch|tag|sha>。
想完全手动装
复制整个 skill 目录，不要只复制 SKILL.md，因为部分 skill 自带脚本。重装前先删掉旧目录，否则上游已删除的文件会残留，同一个目录里混着两个版本。
# 安装目标：Codex 用 ~/.codex/skills；Claude Code 用 ~/.claude/skills（仅当前仓库用 .claude/skills）
DEST=~/.codex/skills
mkdir -p "$DEST"
for s in skills/core/*/ skills/venue/nature-portfolio-playbook/; do
name=$(basename "$s")
rm -rf "$DEST/$name"
cp -R "$s" "$DEST/$name"
done分 agent 的细节见 docs/installation-claude.md · docs/installation-codex.md。
Tip
图形技能（nature-figure、figure-style）默认不在推荐安装集内，因为它们需要绘图后端（Python matplotlib / seaborn 或 R ggplot2）。nature-figure 的可选 AI 示意图路线另需 OPENROUTER_API_KEY，Python / R 绘图主路线不需要。加 --figure 即可安装。
flowchart LR
A["① 立稿<br/>paper-bootstrap<br/>nature-portfolio-playbook"]
B["② 结构与证据<br/>manuscript-optimizer / scientific-writing<br/>write-scientific-manuscript<br/>results-section-revision"]
C["③ 图<br/>figure-planner → nature-figure / figure-style<br/>scripts/ 审计：字号 · 碰撞 · 对齐 · 源数据"]
D["④ 语言<br/>anti-defensive-writing<br/>scientific-prose-style"]
E["⑤ 投稿与返修<br/>submission-audit<br/>paper-reviewer → rebuttal-response"]
F["完整性审计（并行进行，不排队）<br/>stats-reporting-audit · citation-verifier<br/>claim-source-verification · data-availability<br/>draft-marker-discipline"]
A --> B --> C --> D --> E
F -.随时校验.-> B
F -.随时校验.-> C
F -.随时校验.-> D
三条真正有信息量的约束：结构在语言之前（②在④之前，改错层就白改）；完整性审计是并行的，不是流水线上的一站，任何时候发现问题都回到②或③；④之内也有序，anti-defensive-writing 先于 scientific-prose-style，因为删掉防御性支架会重写段落开头和句界，反过来做就是做两遍。
工作流图中的
nature-figure/figure-style属可选 Figure Stack，需按上方 TIP 额外安装。写综述 / survey / perspective 时不走这条链：先用
review-article-architecture立权威 plan，再用draft-marker-discipline建标记体系，压缩润色前先跑一次漂移审计。完整路径见 docs/workflow-map.md。
默认假设：
- 以期刊稿为主，不以会议稿为主
- 未明确 venue 时按
Nature系列期刊导向处理 - 先修结构与证据链，再做语句级润色
paper-workflow 是兜底入口，用在你自己也不确定下一步该用哪个的时候。它做的事是分类并报出整条链，不是把所有请求都揽过去。任何一层都可以直接进。
| 你要做的事 | 直接这么说 | 进入 |
|---|---|---|
| 不确定下一步 | 「帮我优化论文」「投稿前检查」 | paper-workflow 分类后报链 |
| 建新稿骨架 | 「起一个新稿的目录」 | paper-bootstrap |
| 选期刊、定文章类型 | 「投 Nature Methods 还是 Nat Biotech」 | nature-portfolio-playbook |
| 结构和证据链不稳 | 「这篇稿子逻辑乱」 | manuscript-optimizer |
| 段落读不懂但结论没错 | 「这段话别扭」 | write-scientific-manuscript |
| 定每张图要证明什么 | 「这几张图该怎么排」 | figure-planner |
| 出图 | 「画一张对比图」「科研绘图」 | nature-figure |
| 查一张已画好的图 | 「这张图有没有问题」 | figure-style |
| Results 一图一段流水账 | 「Results 太散」 | results-section-revision |
| 统计报告完整性 | 「检查统计」「n 怎么算」 | stats-reporting-audit |
| 引用卫生 | 「查参考文献」 | citation-verifier |
| 引用是否支撑论断 | 「这句的引用对吗」 | claim-source-verification |
| 数据可用性声明 | 「写 data availability」 | data-availability |
| 写得太怂、免责太多 | 「太啰嗦」「让语气更肯定」 | anti-defensive-writing |
| 句子级润色 | 「润色一下这段」 | scientific-prose-style |
| 投稿前预检 | 「投稿前全面检查」 | submission-audit |
| 返修回复 | 「回复审稿人」 | rebuttal-response |
| 写综述 / perspective | 「写一篇综述」 | review-article-architecture（不走上面那条链） |
一条例外：泛泛的稿件请求先进
paper-workflow。因为论文有结构、段落逻辑、期刊风格、标点四层，改错层就白改，而单个技能只覆盖一层。点名了技能或具体活儿就直接去，不用绕。
图形是本仓库唯一带可执行审计的一层，展开写清楚：
figure-planner 一图一主张、panel 角色、main vs supplement、图注与正文对齐
│ 不画图
▼
nature-figure 路由协议
├ 步骤 1 读 manifest + 常驻的 contract.md / stance.md
├ 步骤 2 后端门（阻塞）：Python 还是 R，记住偏好
├ 步骤 3 只加载选中后端的 fragment
├ 步骤 4 出图：五点契约 → 默认立场 → backend fragment
├ 步骤 5 按需打开 17 份 references
└ 步骤 6 交付前跑审计
▼
figure-style 正确性 checklist + kernel.py helper
▼
审计脚本 渲染前 validate_figure.py my_figure.py
（skills/figure/ 导出后 audit_pdf_text.py panel_a.pdf --min-pt 5 ← 逐 panel
nature-figure/ 拼板后 audit_figure_collisions.py fig02.pdf ← 合成图
scripts/） 多面板 audit_panel_alignment.py fig02.layout.json
数据侧 figure_source_data.py → <figure>.qa.json
数值侧 figure_safety.py
▼
qa-contract.md 投稿前清单
退出码是统一契约，四个审计工具共用。validate_figure.py 只会出 0/1/2，因为静态源码检查总能跑、总能给答案；另外三个还会用到 3 和 4：
| 码 | 含义 | 算通过吗 |
|---|---|---|
| 0 | PASS，查了，没问题 | 是 |
| 1 | FAIL，查了，有阻塞问题 | 否 |
| 2 | ERROR，用法或 IO 错误，什么都没查 | 否 |
| 3 | NOT RUN，依赖缺失，什么都没查 | 否 |
| 4 | NOT AUDITABLE，输入回答不了这个问题 | 否 |
2、3、4 表示这张图没被检查，不是干净。按 returncode != 1 分支的封装会交付一张没审过的图。一个不会说「我查不了」的审计工具，比没有审计更危险。
核心技能 skills/core/
| Skill | 作用 |
|---|---|
paper-workflow |
泛泛请求的唯一入口：按稿件粒度分类，给出必须整条跑完的 skill 链 |
paper-bootstrap |
初始化论文项目、source of truth 与状态文件 |
scientific-writing |
章节撰写与重写（全段落 prose）、引用格式与报告规范 |
write-scientific-manuscript |
段落级清晰度与逻辑诊断：读不懂的那段到底哪里出了问题 |
manuscript-optimizer |
结构、证据链、术语、图逻辑漂移修复 |
results-section-revision |
Results 小节级叙述结构修复 |
figure-planner |
一图一主张、panel 角色、legend 同步、Nature 配色 |
citation-verifier |
引用与 BibTeX 卫生 + 严重度分级 + LaTeX 工具链加固 |
claim-source-verification |
对抗式核验：这条文献到底支不支持这句话 |
review-article-architecture |
综述 / survey / perspective 架构：权威 plan、漂移审计、论点即宏 |
draft-marker-discipline |
稿内标记体系、按解决途径分诊、真实字数、安全归档、断言式改稿 |
data-availability |
数据可用性声明、仓库/accession、FAIR、中文对照 |
submission-audit |
投稿前 / 返修前总预检 |
rebuttal-response |
审稿意见回复与改稿联动 |
stats-reporting-audit |
统计报告审计（n、重复性、多重比较、图注统计） |
anti-defensive-writing |
去掉防御性写作：多余免责、放在高权重位置的限定、以限制开头的段落。审计技能定下的限定是承重的，只改形式不删 |
scientific-prose-style |
句子级润色（em-dash 预算、hedging、句长节奏） |
图形技能 skills/figure/
| Skill | 作用 |
|---|---|
nature-figure |
提交级 Python / R 出图工作流 + 可选 OpenRouter AI 示意图（需绘图后端） |
figure-style |
出版级图形正确性与可读性清单 + 可移植 matplotlib 辅助函数 |
期刊定位技能 skills/venue/
| Skill | 作用 |
|---|---|
nature-portfolio-playbook |
在 Nature / Nature Methods / Nature Biotechnology 间定位并做政策预检 |
研究与审稿技能 skills/research/ · skills/review/
| Skill | 作用 |
|---|---|
paper-analyzer |
单篇论文的结构化深读 |
academic-researcher |
文献综述与方法学支持 |
results-analysis |
把实验输出转成可辩护的论文级结论 |
paper-reviewer |
审稿人视角的方法 / 统计 / 复现性评估；把收到的审稿意见拆成逐条 ask，检查回复是否逐个对应 |
可选技能 skills/optional/
| Skill | 作用 |
|---|---|
reference-audit-guide |
联网核验引用是否真实存在：CrossRef / Semantic Scholar / arXiv / PubMed，附可运行脚本 |
conference-paper-writing |
仅用于 conference-first 流程 |
academic-presentations |
论文转 slides / talk |
装完没反应 / 常见问题
agent 好像没加载 skill。 装完必须完全重启 agent，退出进程再打开，/clear 不够，它不会重新扫描 skill 目录。
它只用了一个 skill，没跑完整条链。 直接说 用 paper-workflow 或者把请求说得更泛一点（帮我优化这篇论文）。paper-workflow 会先分类再报出要跑的链；如果它没报链就直接开工，说明匹配到了别的 skill，点名让它走 paper-workflow。
它让我用某个 skill，但我这儿没有。 默认只装 17 个。nature-figure 和 figure-style 要 --figure（需要 matplotlib/seaborn 或 ggplot2），其余的用 --set all。
装到哪儿了。 Claude Code 是 ~/.claude/skills/，Codex 是 ~/.codex/skills/，--local 是当前项目的 ./.claude/skills/。bash install.sh --list 可以先看要装什么，--dry-run 可以看会发生什么但不写盘。
同时装了 Codex 和 Claude Code。 --agent both，两边互不干扰。
想换个版本或回滚。 --ref <branch|tag|sha> 从指定 ref 安装。重复运行是幂等的，会干净覆盖旧版本。
- claim-driven，而不是 panel-driven
- 一张主图尽量只承载一个主结论
- 图注是结果叙述的第二层，不是只解释坐标轴
- 主文只保留支撑本段 claim 的关键数字
- 对已有章节重写前，先做 reverse outline
- 不允许前半部分（Abstract / Introduction）比下游证据更强
- venue 与 article type 要前置决策，不要末期再救火
- 文献存在且元数据正确，不等于它支持那句话
- 权威文档高于好想法：冲突要提出，不能靠改稿子解决
详见 workflow-map · skill-map · venue-routing · design-principles。
Nature-Paper-Skills/
├── docs/ # 工作流图、安装说明、设计参考
├── examples/ # 期望输出与 handoff 样例
├── skills/
│ ├── core/ # 默认期刊工作流
│ ├── figure/ # 图形生产与图形正确性
│ ├── venue/ # 期刊定位与政策
│ ├── research/ # 文献、分析、证据生成
│ ├── review/ # 审稿人视角评估
│ └── optional/ # 有用但非默认的扩展
│ # figure/nature-figure/scripts/ 内含 6 个零依赖审计工具
├── tests/ # 243 个测试，`python3 -m unittest discover -s tests`
├── install.sh # Codex / Claude Code 一条命令安装脚本
├── ATTRIBUTION.md # 逐项来源，含 Apache-2.0 §4(b) 修改文件清单（有测试盯着）
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE # 仓库自有内容 MIT
├── LICENSE-APACHE # vendored skill 的 Apache-2.0 全文
├── NOTICE
├── README.md
└── README.en.md
脚本随 skill 目录分发，保证 skill 可独立复制和复用。install.sh 会把 LICENSE-APACHE 和 NOTICE 一并装进含 Apache-2.0 材料的 8 个 skill 目录，所以 curl | bash 装完手上是有许可证的。
| 适用 | 不追求 |
|---|---|
Nature 系列生命科学 / 计算生物 / 方法学论文 |
覆盖所有期刊写作风格 |
| methods / frameworks / benchmarks / resources / translational | 会议模板大全 |
| 写作、修稿、投稿前预检与返修回复 | 全量研究平台编排 |
| 替代官方 author guidelines |
贡献规范、命名约定和 PR 预期见 CONTRIBUTING.md。来源归因见 ATTRIBUTION.md。
本仓库部分代码和灵感来源于 OpenLAIR/dr-claw、罗小罗团队 Yuan1z0825/nature-skills 与 Claude Science skill pack。
图形层的编码规则参考了 ChenLiu-1996/figures4papers（Chen Liu，Yale）中真实论文出图脚本的设计观察。该仓库未公开 LICENSE，本仓库不复制也不分发其任何代码或文字，配方均为独立重写；完整声明见 THIRD_PARTY_NOTICES.md。
感谢所有为本项目贡献代码、文档和测试的开发者社区成员。逐项来源与许可见 ATTRIBUTION.md。
仓库自有内容为 MIT。部分 vendored skill（nature-figure、figure-style、scientific-prose-style、stats-reporting-audit 及若干合并片段）为 Apache-2.0，许可全文见 LICENSE-APACHE，覆盖范围见 NOTICE。
